在MiniAmp PCR實驗（通常指小規模或高通量PCR體系）中，常用的染料主要分為?核酸凝膠電泳染料?和?實時熒光定量PCR染料?兩大類，其選擇需兼顧靈敏度和安全性。以下是具體分類及特性：

一、核酸凝膠電泳染色染料（用于PCR產物檢測）

用于瓊脂糖凝膠電泳中DNA條帶的可視化：

1、SYBR系列（如SYBR Green I）

與雙鏈DNA特異性結合后熒光增強，靈敏度高；

需注意高濃度可能抑制PCR反應。

EvaGreen

飽和型染料，可在高濃度下使用而不抑制擴增，適合高精度定量和熔解曲線分析。

GoldView

低毒性替代EB的染料，激發后呈綠色熒光

溴化乙錠（EB）

經典染料，但具強致癌性，操作需嚴格防護，逐漸被淘汰。

二、實時熒光定量PCR染料（qPCR）

用于監測PCR擴增過程的熒光信號累積：

1、SYBR Green I

原理：嵌入DNA雙鏈小溝，熒光信號強度與產物量正相關；

優點：通用性強、成本低；

缺點：易受引物二聚體干擾，需熔解曲線驗證特異性。

2、TaqMan探針

原理：5'端熒光基團與3'端淬滅基團分離后發光，特異性高。

優勢：適用于SNP檢測及多重PCR，背景噪音低。

3、分子信標（Molecular Beacons）

莖環結構探針，靶序列結合后發熒光，適合突變檢測。

三、特殊場景染料

1、嵌合型染料（如Syto82、Syto9）對擴增抑制小，靈敏度高。

2、比色染料（如HNB）通過顏色變化判斷結果，無需儀器。

四、總結

1、泳檢測：推薦SYBR Safe或GoldView（安全性高）。

2、qPCR檢測：SYBR Green I（經濟通用）或EvaGreen（高穩定性）。

3、特殊應用：CF®染料適用于熒光標記探針合成。